La guerra interrumpió el comercio internacional. Entre 1798 y 1802 la cosecha de añil en El Salvador quedó embodegada, por lo cual durante cuatro años no existió ningún tipo de pago de esas exportaciones. Inglaterra para dañar económicamente al Imperio Español, patrocinó ataques de corsarios a la península ibérica y sus colonias.

El Rey Carlos IV buscó apoyo económico en las colonias para financiar las guerras en Europa, por lo cual implementó dos medidas: las "contribuciones patrióticas" y la consolidación de deudas de la Iglesia Católica.

Las "contribuciones patrióticas" eran colectas de dinero entre todos los que tenían algo que aportar, es decir, se las pidieron a todos, hasta personas con salarios modestos como los profesores de la Universidad de San Carlos de Guatemala.

En cuanto a la consolidación de deudas con la Iglesia Católica, ésta a través de sus dependencias (cofradías, capellanías, conventos, monasterios y escuelas), prestaban mucho dinero a los productores de añil. Y estos tuvieron que pagarlo inmediatamente, viéndose forzados a pedir prestado o rematar sus cosechas a fin de saldar las deudas. Mas de medio millón de pesos salió de la Intendencia de San Salvador de esta forma.

Por otra parte una plaga de chapulín destruyó las cosechas de 1802 y 1803, el añil de la India y Venezuela comenzó a competir con el añil salvadoreño, por lo cual en esta crisis muchos productores perdieron sus propiedades que pasaron a manos de sus acreedores en Guatemala. De esta forma la poderosa familia guatemalteca de los Aycinena terminó siendo propietaria de grandes haciendas en territorio de la Intendencia de San Salvador.

Para aliviar el problema de los exportadores las autoridades coloniales autorizaron el comercio con países que eran neutrales con respecto a los conflictos europeos, principalmente los Estados Unidos de América. Finalmente las alianzas cambiaron cuando en 1808 las tropas de Napoleón Bonaparte, emperador de Francia, invadieron España y entonces se permitió el comercio con Inglaterra a partir de ese año.

Los patriótas españoles se organizaron rápidamente, organizando Juntas Regionales, después una Junta Central con representantes de todas partes de España y luego de las colonias. De tal suerte que España tenía entonces dos gobiernos, el de Bonaparte y el de la Junta Central que gobernaba en nombre de Fernando VII.

En las colonias se buscaron diversas soluciones. En el Virreynato de Villa de La Plata (Argentina), Capitanía General de Venezuela, Virreynato de Nueva Granada (Colombia) y el Virreynato de Nueva España (México), se organizarón Juntas para gobernar en nombre del Rey. En la Capitanía General de Guatemala (Centroamérica) y el Virreynato del Perú las autoridades coloniales continuaron en control. Guatemala proclamó su lealtad a la Junta Central y siguió enviando "contribuciones patrióticas" (a partir de 1808 se enviaron a España más de 1 millón de pesos). Pero a cambio trataron de ejercer mayor influencia y exigieron representación en la Junta Central, buscaron disminuir el poder de las autoridades peninsulares a través de la actividad de los ayuntamientos.

La Junta Central convocó a elecciones para las Cortes Generales y cada parte del Reino de Guatemala envió un delegado a las mismas que se reunieron en Cádiz. El delegado de la Intendencia de San Salvador fue el Presbítero José Ignacio Avila, quien pidió se estableciera un obispado separado del de Guatemala.

Pero había patriotas que querían más autonomía. La Intendencia de San Salvador, que había acusado más estragos con la crisis económica, fue la primera en rebelarse de forma abierta en 1811.

Un grupo de criollos se empezó a reunir en San Salvador en la casa de los hermanos Aguilar (Nicolás, Vicente y Manuel). A esas reuniones de conspiración asistían también: José Matías Delgado, Bernardo y Manuel José Arce, Juan Manuel Rodríguez y Pedro Pablo Castillo.

Sin embargo el Capitán General, José de Bustamante tenía espías en todo el Reino que estaban enterados de la conspiración, por lo que el Capitán General sacó de San Salvador los fondos del Tesoro Real y del Consulado de Comercio. Los espías descubrieron la correspondencia que sostenían los hermanos Aguilar con los patriotas Nicaragüenses, lo que concluyó en el arresto de Don Manuel Aguilar en Guatemala.

El 04 de noviembre llegó el correo a San Salvador informando de la orden de arresto, lo que precipitó los acontecimientos. El día siguiente (05) era día de "cabildo ordinario" y la gente se congregó en la plaza mayor. La muchedumbre era tan hostil que el intendente, Don Antonio Gutiérrez y Ulloa, que se vió obligado a renunciar y Manuel José Arce proclamó "ya no hay rey, ni tributos, ni debe prestarse obediencia sino a los alcaldes".

Los habitantes de San Salvador fueron los primeros en la Capitanía General de Guatemala (Centroamérica) en pedir la independencia. Se eligió un nuevo ayuntamiento presidido por Don Bernardo Arce y se nombró al ministro contador como intendente interino. No obstante del deseo de mayor autonomía, todavía era difícil aceptar la idea de romper todos los lazos con España, por lo que el nuevo ayuntamiento juró gobernar en nombre del Rey Fernando VII, a quien se consideraba el legítimo Rey de España y no José Bonaparte.

Pero la situación todavía no era adecuada para un movimiento de independencia y no todos los partidos de la Intendencia apoyaron el movimiento. El movimiento del 05 de noviembre, prematuro y sin el apoyo de las otras partes del Reino, FRACASO.

"El Salvador fué un invento. También la mayoría de repúblicas hispanoamericanas... (aunque) algunas con el sello indeleble de los grandes estados precolombinos - verdadera tradición nacional - como México y Perú...

Pero El Salvador, no obstante un apasionante pasado, amaneció con un bagaje escaso de consistencia, tenue en su viabilidad, desgajado de su matriz histórica. Y sin embargo nos inventamos un país y seguimos adelante...

Fue en 1911, cuando se celebró el centenario del levantamiento contra las autoridades españolas - e inauguramos la espléndida columna de la Independencia en el (entonces) Parque Dueñas - (hoy Plaza Libertad) y, que el motín de San Salvador del 5 de noviembre de 1811 fue elevado a la categoría de Primer Grito de Independencia.

Fue la confirmación de una identidad independentista y el complemento de la casi mitología morazanista y barrista del siglo XIX, con arcos de triunfo y oropeles para la consolidación de un nombre propio en el viejo sueño y ensueño unionista.

...Aunque íbamos en el mismo barco que toda Centroamérica, en San Salvador se palpitaba un resentimiento con la Ciudad de Guatemala, porque en (aquellos) momentos hay que referirse a ciudades y pueblos, no generalizar a provincias, ni mucho menos hablar de países...

Pero la realidad era la de subordinación en todos los órdenes y San Salvador una ciudad que esperaba mejor destino que el que teníamos, no obstante que nuestro añil le daba riqueza al reino. De ahí surgió la idea de un estado propio, que se materializaría en la Federación y se atrevería a caminar solo, como las demás intendencias del Istmo.

...El proceso de independencia sigue siendo motivo de estudio y análisis. Está lejos de estar todo dicho. Nuestros próceres no fueron seres perfectos, sino empecinados, a menudo erráticos y contradictorios, sujetos a compromisos con la parentela y los paisanos de poblaciones afectas a sus ideas.

Pero los próceres criollos y sus seguidores de todos los estratos están muy en alto en la Historia y en un merecido sitial de distinción y honra, porque tuvieron la valentía de inventarse un país y el aliento resuelto y decidido de persistir en el pequeño embrión de patria...

Todo comenzó UN 5 DE NOVIEMBRE DE 1811".

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